इस अन्वेषण यात्रा से लौटते ही क्लैपरटन को कमांडर का पद दिया गया और अन्वेषण करने के लिये पुन: अफ्रीका भेजा गया। वह बैडाग्री में उतरकर नाइगर प्रदेश के लिये रवाना हुआ। योरुबा प्रदेश होता हुआ उसने बुसा के निकट नाइगर को पार किया और कानों आया। वहाँ से बोर्नू जाने के लिये सोकोतो आया। वहाँ के सुल्तान ने उसे कैद कर लिया। १३ अप्रैल, १८२७ को पेचिश से उसकी मृत्यु हो गई।

क्लैपरटन पहला यूरोपियन था जिसने अर्ध सभ्य हौसा प्रदेश का आँखों देखा परिचय दिया। मृत्युपरांत उससे दूसरी अफ्रीका यात्रा का वृत्त प्रकाशित हुआ। इस वृत्त को उसका नौकर लैंडर लाया था। लैंडर ने इसके अतिरिक्त क्लैपरटन के कुछ समय अन्य अन्वेषण संबंधी लेखों को अपनी अभियान यात्रा वृत्त के साथ प्रकाशित किया है। (परमेश्वरीलाल गुप्त)